Výběrového řízení se doporučuje rozdělit na dvě základní kola.
První kolo
Na základě zadávací dokumentace je vybráno 4 až 8 (individuální dle konkrétního IS) potencionálních dodavatelů IS. Implementační partneři zpracují rámcové nabídky. Na základě jejich vyhodnocení postupují do druhého kola pouze 2 až 4. Výběrová kritéria jsou individuální dle IS a dané společnosti.
Druhé kolo
V rámci druhého kola jsou vybrání 2 až 4 dodavatelé IS. V tomto kroku, by mělo dojít k předvedení klíčových procesů v navrhovaném IS každého dodavatele. Dále by měl každý dodavatel umožnit referenční návštěvu u svého zákazníka, který pracuje na stejné vertikále řešení.
V obou výběrových kolech opět důrazně doporučujeme využit konzultačních společností, které mají s výběrem IS zkušenosti.